Dalam proses otonomi daerah, kendala-kendala yang umumnya terdapat di negara-negara berkembang, adalah: (1) rendahnya kapasitas penyelenggaraan pelayanan-pelayanan yang dapat dilakukan oleh pemerintah-pemerintah daerah; (2) rendahnya kemampuan pemerintah-pemerintah daerah dalam mengelola administrasi perpajakan; (3) rendahnya kewenangan pemerintah-pemerintah daerah atas basis-basis pajak yang penting; dan (4) ketidakmampuan pemerintah untuk menyerap aspirasi atau memahami dinamika pertumbuhan permintaan masyarakat akan barang-barang dan jasa-jasa dari sektor pemerintah.